Könnte es eventuell sein, dass du bislang dir nur Sektorinhalte von Dateien angesehen hast, bei denen Windows oder Linux die Datei auf den Datenträger geschrieben hat?
So, habe das ganze nochmal in der Einstellung Large und 4:3 getestet. Ändert sich nix.
Übrigens: Es werden nicht alle Überhangsektoren überschrieben, sondern nur 32 Stück, sofern mehr übrig bleiben. Die restlichen 32 Sektoren sind immer noch mit 0xFF initalisiert.
Hier mal ein vollständiger dieser Überhangsektoren: