40 Fragen an Evolutionisten

Ehrlich gesagt kann ich den Sarkasmus nicht ganz nachvollziehen . Ich hab eine normale Frage gestellt , die aufgrund dieses Textes mich beschäftigt hat . Wenn man das hier nicht darf dann sag das und gut ist .

Bin mal raus hier .....

@Marko11

Du darfst, ich vermisse bei deinem lückenhaften Faktenwissen aber eben die Ergebnisoffenheit.

Es kann nicht sein, dass die Diskussion nur so läuft, dass du eine Behauptung, getarnt als Frage, aufstellst und die andern dann zusehen können, wie sie es widerlegen.

Wo hast du einmal in Erwägung gezogen, dass es einfach stinknormale natürliche Evolution war?
Wo hast du einmal versucht den Ansatz der Evolution zu widerlegen? Abgesehen von der Behauptung, dass man Bewusstsein benötige.

@Dr.Shrimp

Dr.Shrimp schrieb:Die Sache ist einfach nur, dass du @Marko11 nicht suggerieren darfst, dass sich Mutationen gezielt die Stelle aussuchen, wo sie "zuschlagen".

Ich verstehe wo du das Problem siehst.
Du befürchtest dass jemand Gott durch die Hintertür wieder als Verwalter der Mutationen einführst.

Das habe ich nicht vor.

Aber lass mich mal kurz eine Hypothese formulieren.
Die DNA hat eine Überstruktur.
Also ist nicht jede Postion in der DNA gleich.
Also ist die Bruchwahrscheinlichkeit in der DNA nicht überall gleich
Also ist es ein evolutionärer Vorteil wenn sich kritische Information dort befindet wo die Bruch wahrscheinlichkeit gering ist.
Also setzen sich die Lebewesen bei denen die wichtigen Informationen in stabileren regionen liegen durch.
Also ist die Mutationsrate der wichtigeren Informationen selber auch schon geringer...

Eine ortsabhängige Mutationsrate ist also hypothetisch möglich. Und wenn es sie gibt dann
werden die wichtigen Informationen ganz sicher da untergebracht sein wo sie gering ist.
Ob das ganze die geringste biologische relevanz hat kann ich nicht wirklich beurteilen.
Durchaus möglich dass die Beeinflussung der Bruchwahrscheinlichkeit durch den Ort im DNA schrank sich irgendwo in der vierten Nachkommastelle abspielt so dass es keine praktischen konsequenzen gibt.

Ich will nur sagen dass nicht homogene Mutationsraten noch nicht dirket ein eingriff des einzig wahren wer auch immer sein müssen.

@JPhys2

JPhys2 schrieb:Also ist es ein evolutionärer Vorteil wenn sich kritische Information dort befindet wo die Bruch wahrscheinlichkeit gering ist.

Brüche sind nicht die einzige Ursache für Mutationen.
Da kommt wahrscheinlich der Physiker bei dir durch. Die DNA ist mehr als ein gedrehter Stock, der ab und zu durchbricht. ^^

Physikalische und chemische Mutagene modifizieren die DNA direkt, ohne dass immer Strangbrüche auftreten.

Kannst dich ja mal, durch die Kapitel klicken.
http://www.chemgapedia.de/vsengine/vlu/vsc/de/ch/5/bc/vlus/dna_schaeden.vlu.html


Des Weiteren kann man bei konstitutiv exprimierten Genen, die stark konserviert sind, keineswegs davon ausgehen, dass sie schwer zugänglich sind und von Mutagenen abgeschirmt sind, sonst könnte man die Regionen nicht transkribieren. Der Grund, dass sie konserviert sind, ist darum vor allem im Selektionsdruck zu suchen.

http://evolutionwiki.org/wiki/Genes_with_major_effects_on_development_are_conserved_across_phyla (Archiv-Version vom 25.11.2012)

Conservation does not refute variability, it only argues that those conserved genes are very, very effective at surviving selection.

@Dr.Shrimp

Dr.Shrimp schrieb:Da kommt wahrscheinlich der Physiker bei dir durch.

Schlimmer der Mathematiker.
Ich weiss dass es den Effekt gibt... Ich kann das Mathematisch beweisen(symmetriebrechung).
Aber ich habe nicht die geringste Vorstellung von der Grössenordnung.

Stell dir einfach vor ich sage ein Tier läuft auf dein Zelt zu und weiss nicht ob es ein Elfant oder eine Ameise ist...

Davon abgesehen.
Das die Selektion hier der dominierende effekt ist daran kann kein Zweifel bestehen.
Keine zweiflel bestehen.
Stribt weil es die falschen Proteine baut... ist ein auswahkkirterium das härter ist als es variationen in der Mutationswarscheinlichkeit jemals sein könnten.
Man kann sich aber die Frage stellen wieviele individuen sterben müssen weil sie die falsche mutation haben.
und ob die Zahl dieser Fehlversuche variable ist.

Das
http://www.chemgapedia.de/vsengine/vlu/vsc/de/ch/5/bc/vlus/dna_schaeden.vlu.html
schaue ich mir mal an.
Das dauert aber eine weile

@JPhys2

JPhys2 schrieb:und ob die Zahl dieser Fehlversuche variable ist.

Diesen Wert kennt man natürlich nicht explizit, weil er sich hinter anderen Zahlen als Bestandteil versteckt.

Für eine Molecular Clock ist das letztendlich nicht wichtig zu wissen. Dabei zählt nur die Annahme, dass sich Mutationen immer mit konstanter Häufigkeit durchsetzen. Das ist natürlich auch nicht immer so, aber weniger variabel. Vor allem bezüglich konservierter Sequenzen.

@Dr.Shrimp

Dr.Shrimp schrieb:Diesen Wert kennt man natürlich nicht explizit, weil er sich hinter anderen Zahlen als Bestandteil versteckt.

Wie so vieles in der Wissenchaft ist das eine Fragestellung die einen interessieren kann aber nicht umbeidingt muss.

Dr.Shrimp schrieb:Für eine Molecular Clock ist das letztendlich nicht wichtig zu wissen.

Ich denke nicht das irgendeine der Fragestellungen die ich hier angesprochen habe für die Molekulare Uhr
relevant sind. Dafür gibt es natürlich andere Fragen die sich einem so stellen.

Bei nicht konsevierten Sequenzen kann ich leicht verstehen warum man von einer konstanten Mutations akkumulationsrate ausgeht.
Weil die Mutationen die eigenschaften des Organismusses nicht entscheidend verändern
Bei konservierten Sequenzen erscheint mir das aber eine gewagte Annahme zu sein.

@JPhys2

Gerade bei nicht-konservierten Regionen ist die Häufigkeit der Mutationen, die sich durchsetzen, teilweise so hoch, dass man über größere Zeiträume keine vernünftigen phylogenetischen Analysen mehr machen kann, weil man einfach nicht mehr sieht, was wozu gehört hat.

Nur bei konservierten Sequenzen sind auch die absoluten Werte der Häufigkeit der Veränderung gering genug. Sodass auch Schwankungen weniger ausmachen.

20% von 100 sind weniger als 20% von 1000000.

@Dr.Shrimp
Das ist ein bischen eine Frage wie konserviert die Konservierten sequenzen eigentlich sind.

Bei der Molekularen Uhr können folgende Dinge hypothetisch schief gehen
1)Es ist nicht mehr möglich festzustellen wieviele Mutationen es eigentlich gegeben hat.
Das Problem hat man primär bei den nicht konservierten Sequenzen.
Und vor allem über längere Zeiträume
Das erlaubt einem die ganze Rechnung nicht.
Aber zumindest ist es offensichtlich dass es ein Problem gibt

2) Die Mutationsakkumulationsrate ändert sich während des Prozesses.
In vielen stochastischen Prozessen ist der Fall dass das Äquivalent der Mutalionsakkumulationsrate konstant ist der ausnahmefall.
Das das es überhaupt die geringste Hoffung gibt dass dem in der Evolutionstheorie anders ist ist dass der Konfigurationsraum so hochdimensional ist.
Aber auch das ändert nichts daran dass wenn eine Mutation ein Lebewesen wirklich nachhaltig ändert auch die Mutationsakkumulationsrate ändern kann...

Und das gemeine an diesem Fehler ist dass du nicht wirklich aus deinen Daten sehen kannst dass dir das passiert ist.
Du machst eine rechnung bekommst etwas raus und das Ergebnis ist schlicht falsch und du siehts es ihm nicht an.
An dieser stelle ist es wichtig die Ergebnise der Methode möglichst mit anderen Ergebnissen quer zu vergleichen.

3)

Dr.Shrimp schrieb:Nur bei konservierten Sequenzen sind auch die absoluten Werte der Häufigkeit der Veränderung gering genug. Sodass auch Schwankungen weniger ausmachen.

Nun liebe Kinder gebt fein acht Onkel @Dr.Shrimp erzählt uns ein Märchen.

Ein stochastischer Prozess mit Vielen ereignissen eigent sich prinzipiell besser als Uhr als einer min wenigen.
1) es ist der relative Fehler der wichtig ist nicht der Absolute
2) der absolute Fehler skaliert mit der Wurzel der Zahl der ereignisse
3) der relative skaliert mit 1 durch die Zahl der erigenisse
4) Fehlerrechnung ist Mathematik damit kenn ich mich aus.

Ich denke wirklich dass das Problem eher ist dass du bei zu vielen Mutationen die Zahl der Mutationen aus Anfangs und Endzustand gar nicht mehr wirklich ermitteln kannst.

@Dr.Shrimp
Wenn du das bezweifels

JPhys2 schrieb:Ein stochastischer Prozess mit Vielen ereignissen eigent sich prinzipiell besser als Uhr als einer min wenigen.

Stell dir bitte den Extremfall vor

Zähler 1 hat eine Wahrscheinlichkeit von 50% in jeder Minute Bing zu machen
Zähler 2 hat eine Wahrscheinlichkeit von 50% einmal am Tag Bing zu machen

Welcher Zähler eigent sich besser um dzu sagen wann eine Woche vorbei ist
der
bei dem das nach 3,5 Bings der Fall ist...
Oder
der bei dem das nach 5040 bings der Fall ist?

In dem moment in dem du die Bings halbwegs vernünftig zählen kannst sollte die Antwort hoffentlich klhr sein.
Ja der absolute Fehler in Bings ist im Fall 2 grösser
Dass im Fall 1 aber der Fehler in der Zeit gerechnet grösser ist, ist ein klein wenig unangehmer

@JPhys2

JPhys2 schrieb:Ein stochastischer Prozess mit Vielen ereignissen eigent sich prinzipiell besser als Uhr als einer min wenigen.

Prinzipiell, aber eben nicht hier!

@Dr.Shrimp

Dr.Shrimp schrieb:Prinzipiell, aber eben nicht hier!

Das hängt dann aber damit zusammen wie effizient ihr eure Ereignisse zählen könnt..

Und nicht daran wie das allgemein mit den absoluten und relativen Fehler ist.

@JPhys2

JPhys2 schrieb:bei dem das nach 3,5 Bings der Fall ist...

Es gibt nur bing, oder nicht Bing. Ein halbes Bing ist in
Deinem Beispiel nicht möglich.

@JPhys2

Vielleicht brauchst du einfach mal ein einfaches Beispiel.
Das seien unsere Startbedingungen.

Sequenz 1:
GACTGACTGACT

Sequenz 2:
GACTGACTGACT

Nehmen wir mal zwei unterschiedliche Werte an.

Szenario 1: jede Minute setzen sich durchschnittlich 10 Mutationen an beliebiger Stelle durch, das kann auch mehrmals die gleiche Stelle sein.

Szenario 2: jede Minute setzen sich durchschnittlich 2 Mutationen an beliebiger Stelle durch, das kann auch mehrmals die gleiche Stelle sein.

Berechne jeweils die Wahrscheinlichkeit, mit der du nach 10 Minuten noch Aussagen kannst, wann sich die Sequenz 1 von der Sequenz 2 getrennt hat und den Zeitpunkt, inklusive Abweichung, und ob es überhaupt noch geht!

@JPhys2

In Szenario 1 und 2 seien Selektionsdruck und Umwelt für unseren Modellorganismus gleich, egal ob er Sequenz 1 oder 2 in sich trägt.

Durchschnittlich manifestiert sich 10% der Mutationen der Sequenz in der Population.

Szenario 1:
Durschnittlich finden pro Minute 100 Mutationen ab, wobei 90 davon sich nicht manifestieren. Es findet ein ökologisch bedeutendes Ereignis statt und der Selektionsdruck steigt stark an. Für 5 min setzen sich pro Minute 15% der Mutationen durch.

Szenario 2:
Durschnittlich finden pro Minute 20 Mutationen ab, wobei 2 davon sich nicht manifestieren. Es findet ein ökologisch bedeutendes Ereignis statt und der Selektionsdruck steigt stark an. Für 5 min setzen sich pro Minute 15% der Mutationen durch.

Welches Szenario verzerrt die Kalibrierung stärker, bei welchem Szenario ist die Datierung genauer?

@der-Ferengi

Es gibt nur bing, oder nicht Bing. Ein halbes Bing ist in
Denem Beispiel nicht möglich.

Was du nicht sagst...

@Dr.Shrimp
Wenn du in deinem Beispiel nach einer halben Minute ausrechen willst wann sich die beiden sequenze getrennt haben wirst
Du Scenario 2 ein wesentliche genaueres Ergebnis bekommen als in Scenario 1

Was danach passiert ist dass du aus Anfang und Endzustand nicht mehr auf die Zahl der ereignisse schliessen kannst.
Das es euer Problem ist die Zahl der ereignisse nicht mehr wirklich zählen zu können habe ich die ganze Zeit schon gesagt.

@JPhys2

JPhys2 schrieb:Das es euer Problem ist die Zahl der ereignisse nicht mehr wirklich zählen zu können habe ich die ganze Zeit schon gesagt.

Das Problem ist der Mangel an Messpunkten.

Aber wenn wir in der Zeit zurückreisen könnten, um die Ereignisse zu zählen, bräuchten wir ja die Clock nicht mehr.

@Dr.Shrimp

Dr.Shrimp schrieb:Aber wenn wir in der Zeit zurückreisen könnten, um die Ereignisse zu zählen, bräuchten wir ja die Clock nicht mehr.

Lass uns die Sache mal kurz konstruktiv diskutieren
Wir haben eine sequenz der Länge K
Wir haben eine Mutationsrate von r Mutationen pro Zeiteinheit und basenpaar
Wir haben eine Zeit t

Wir haben zwei Fehler
Nach der Zeit t hat es r t k mutationen gegeben...
Nun ja nicht wirklich. Wegen der STochastischen Natur gibt es einen Fehler
In der Grössenordnung Wurzel(rt K)

der relative Fehler bei der Zeitbestimmug also proportional zu 1 durch Wurzel aus rtK


Zweites kann es passieren dass mehr als eine Mutation auf dem gleichen platz sitz.
Wenn das passier dann ist unser rückschluss von Anfang und endzustand auf die Zahl der Mutationen falsch.
Die Zahl der doppeltmutationen ist grob (rt K)^2/K
der relative Fehler bei der Zeitbestimmung also etwa r t.

Offensichtlich ist je nach grösse der Sequenz die man zum abschätzen benutzt und je nach Zeitspanne die man abschätzen will der eine Fehler oder der andere Fehler grösser.
Und je nachdem sorgt ein grössere mutationsrate für ein genaueres oder ein ungenaueres ergebnis

@JPhys2

JPhys2 schrieb:Offensichtlich ist je nach grösse der Sequenz die man zum abschätzen benutzt und je nach Zeitspanne die man abschätzen will der eine Fehler oder der andere Fehler grösser.
Und je nachdem sorgt ein grössere mutationsrate für ein genaueres oder ein ungenaueres ergebnis

Und abhängig von gewissen temporären Ereignissen, die den Selektionsdruck verändern, und deren Dauer.

@Dr.Shrimp

Dr.Shrimp schrieb:Und abhängig von gewissen temporären Ereignissen, die den Selektionsdruck verändern, und deren Dauer.

Eigentlich schätzt du das Zeitintegral über die Mutationsrate ab....