O.k., nochmal aufgeschlüsselt:
U wird zu Ψ, um die Immunabwehr zu umgehen. Es wird aber von der Zelle wieder als U gelesen:
So in the BioNTech/Pfizer vaccine, every U has been replaced by 1-methyl-3’-pseudouridylyl, denoted by Ψ. The really clever bit is that although this replacement Ψ placates (calms) our immune system, it is accepted as a normal U by relevant parts of the cell.
Dann wurden RNA-Codons an der 3. Stelle geändert zu C oder G, weil sich herausstellte, dass sich das Spikeprotein so effizienter herstellen lässt. Tatsächlich bewirkt diese Abänderung der Codons aber keine Abänderung der daraus hergestellten Aminosäuren, weil es für eine Aminosäure mehrere Codonkombinationen gibt und die 3. Codonstelle keinen Einfluss auf den Bau der spezifischen Aninosäure hat.
In this table, we can see that the modifications in the vaccine (UUU -> UUC) are all synonymous. The vaccine RNA code is different, but the same amino acids and the same protein come out.
If we look closely, we see that the majority of the changes happen in the third codon position, noted with a ‘3’ above. And if we check the universal codon table, we see that this third position indeed often does not matter for which amino acid is produced.
So, the changes are synonymous, but then why are they there? Looking closely, we see that all changes except one lead to more C and Gs.
So why would you do that? As noted above, our immune system takes a very dim view of ‘exogenous’ RNA, RNA code coming from outside the cell. To evade detection, the ‘U’ in the RNA was already replaced by a Ψ.
However, it turns out that RNA with a higher amount of Gs and Cs is also converted more efficiently into proteins,
Genauso ist man beim Bau der Spikeprotein-Codons vorgegangen. Die 3. stelle wurde häufig zu C oder G umgewandelt. Die daraus resultierenden Aninosäuren sind aber wieder identisch mit dem Spikeprotein-Aminosäuren.
The next 3777 characters of the vaccine RNA are similarly ‘codon optimized’ to add a lot of C’s and G’s.
Und nun kommt der Unterschied: Abänderungen der Codons im Spikeprotein, so dass 2 Aminosäuren fehlen und stattdessen eine andere namens Prolin jeweils aufgebaut wird, weil diese Abänderung die Impfstoffeffizienz verbessert, denn das Spike-Protein bleibt dabei aufgerichtet dank stablisierendem Prolin so wie beim echten Virus und fällt nicht zusammen, da sozusagen der Kugelkörper als Grundlage zur Aufrichtung des Spikes fehlt.
When we compare the entire Spike protein in the vaccine, all changes are synonymous like this.. except for two, and this is what we see here.
The third and fourth codons above represent actual changes. The K and V amino acids there are both replaced by ‘P’ or Proline. For ‘K’ this required three changes (‘!!!’) and for ‘V’ it required only two (‘!!’).
It turns out that these two changes enhance the vaccine efficiency enormously.
(...)
It turns out that, unmodified, freestanding Spike proteins collapse into a different structure. If injected as a vaccine, this would indeed cause our bodies to develop immunity.. but only against the collapsed spike protein.
Außerdem gibt es noch eine 3-UTR als Äbänderung, aber das habe ich überhaupt nicht verstanden :-) und es scheint aber auch nichts mit dem Spikeprotein selber zu tun zu haben.
Many words could be written about the 3’ UTR, but here I quote what the Wikipedia says: “The 3’-untranslated region plays a crucial role in gene expression by influencing the localization, stability, export, and translation efficiency of an mRNA .. despite our current understanding of 3’-UTRs, they are still relative mysteries”.
Quelle:
https://berthub.eu/articles/posts/reverse-engineering-source-code-of-the-biontech-pfizer-vaccine/Fazit: Also doch eine Veränderung im Hinblick auf die Aufrichtung des Spikeproteins. Ein DNA-Vektorimpfstoff müsste ja dann ein kollabierendes Spikeprotein aufbauen, während Moderna/Biontech durch Modifizierung das nicht kollabierende Spike schaffen.
Mhmmm....dann könnte das Spike-Protein als Ursache vielleicht doch nicht vorschnell ausgeschlossen werden...
und Fazit: Das nächste Mal sollte ich einfach Zyklotrops Aussagen besser lesen, dann kann ich mir viel komplizierte Lesearbeit sparen:-)
emanon schrieb:Viel Text. :)
Meinst du die Ersetzung von U durch Ψ? Die modifiziert meines Wissens nicht das Endprodukt. Oder gehts um die Ersetzung 2er Aminosäuren im 3. und 4. Codon?
Das diente wohl der Effizienzverbesserung des Wirkstoffes durch Strukturerhalt der Spikes.
