@KlausBärbel Kirchers Interesse an Ägyptologie wurde geweckt, als er 1628 in der Bibliothek von Speyer auf eine Hieroglyphensammlung stieß. 1633 lernte er Koptisch und veröffentlichte 1636 die erste Grammatik dieser Sprache (Prodromus Coptus sive Aegyptiacus). In seinem Werk (Lingua Aegyptiaca restituta) von 1643 argumentiert er korrekt, dass Koptisch keine separate Sprache sei, sondern die letzte Ausbaustufe der antiken ägyptischen Sprache. Er erkannte auch die Beziehung zwischen hieratischen Schriftzeichen und den Hieroglyphen. In Nicholas-Claude Fabri de Peiresc fand er einen Mitstreiter.
In Œdipus Ægyptiacus (1652) argumentiert er, dass die antike ägyptische Sprache von Adam und Eva gesprochen wurde, dass Hermes Trismegistos und Moses ein und dieselbe Person gewesen, und die ägyptischen Hieroglyphen okkulte Symbole seien, die nicht wörtlich übersetzt, sondern nur allegorisch (sinnbildlich) ausgelegt werden könnten, daher ihre wahren Gehalte nur dem Eingeweihten vorbehalten seien. Er nahm teil an der Aufstellung der Obelisken in Rom und ist verantwortlich für die Hinzufügung heute als sinnlos bzw. sinnentstellend erkannter Hieroglyphen an einigen derselben; vgl. seinen Obeliscus Pamphilius (1650). Noch 1676 befasst er sich in seiner Sphinx Mystagoga mit Mumienbergung und Entschlüsselung der Hieroglyphen.
Obwohl sein Ansatz zur Entzifferung altägyptischer Texte auf fundamentalen Fehlkonzepten beruhte, betrieb er doch bahnbrechende wissenschaftliche Forschungen auf diesem Gebiet. Kircher selbst glaubte an die Möglichkeit, dass die Hieroglyphen ein Alphabet bilden könnten, und setzte sie zum griechischen Alphabet in Beziehung. Seine Ergebnisse wurden später von Jean-François Champollion bei seinen erfolgreichen Bemühungen, diese altägyptische Sprache zu entziffern, verwendet.